中國農業科學院鄭州果樹研究所成立于1960年，是以果樹（蘋果、梨、桃、葡萄、獼猴桃、石榴、李、杏、櫻桃、核桃、草莓、無花果等）和瓜類（西瓜、甜瓜等）為研究對象的國家級科研機構，是國家果樹瓜類科技創新中心、成果轉化基地、國際合作基地和人才培養基地。

研究所面向世界農業科技前沿、面向國家重大需求、面向現代農業建設主戰場，圍繞“優質、安全、簡約、多樣、高效”的科技主攻方向,以種質資源為基礎，以品種培育為核心，以栽培植保為支撐，以貯藏加工為拓展，以質量檢測、風險評估和科技信息為保障，開展應用和應用基礎研究，著力解決我國果樹瓜類產業發展中基礎性、戰略性、全局性、關鍵性、前瞻性重大科技問題，為保障國家食物安全、食品安全、生態安全、人民健康、農民增收和可持續發展，推進美麗中國、健康中國建設和農業供給側結構性改革，振興鄉村提供強有力的科技支撐，滿足人民日益增長的美好生活需要和優美生態環境需要。

研究所經過60余年的發展，形成了涵蓋種質資源、遺傳育種、栽培生理、植物保護、貯藏加工、質量檢測、風險評估、科技信息、示范推廣等學科體系，創建了種類齊全、學科完整、特色鮮明、優勢明顯的研究體系。

研究所堅持“以人為本、人才興所”的方針，大力加強人才隊伍建設，培養和匯聚了一批國內外一流的領域科學家。全所共有660多人，在職職工190人。其中高級職稱97人，博士68人、碩士64人。中原學者1人，國家和省部級有突出貢獻中青年專家4人，享受國務院政府特殊津貼專家6人，國家現代農業產業技術體系崗位專家10人，中國農業科學院科技創新工程創新團隊10個，河南省現代農業產業技術體系首席2人。擁有果樹學、蔬菜學、植物病理學、農業昆蟲與害蟲防治、食品科學、農產品加工與利用等博士和碩士培養點。

研究所擁有6個處室和9個研究中心，現有果蔬園藝作物種質創新與利用全國重點實驗室、國家園藝種質資源庫、國家葡萄桃種質資源圃、國家西瓜甜瓜中期庫、國家瓜果改良中心、國家獼猴桃科技創新聯盟、農業農村部果樹育種技術重點實驗室、農業農村部園藝作物（果樹）基因資源評價利用重點實驗室、農業農村部果品及苗木質量監督檢驗測試中心、河南省果樹瓜類生物學重點實驗室、國家引智示范推廣基地、中國-新西蘭、中國-日本、中國-西班牙、中國-保加利亞、中國-哈薩克斯坦等5個國際聯合實驗室等科技平臺。主辦《果樹學報》《中國瓜菜》和《果農之友》三份科技期刊。研究所是中國農業科學院文明單位和河南省文明單位。

研究所共取得各類科研成果226項，其中11項成果獲國家級科技獎勵，118項成果獲得省部級獎勵，培育并通過省級以上審定的果樹瓜類新品種368個，其中國審（鑒）品種52個，形成了一批具有自主知識產權的新基因、新種質、新品種、新技術和新產品。為促進轉化，創立了“科研單位+地方政府+龍頭企業+基層農戶”四位一體的成果協同轉化模式，以“1+4+N”創新轉化基地戰略布局為引領，通過設立了試驗站、專家工作站和成果示范基地等方式，與全國17個省50多個縣(市)和20多家企業建立長期合作關系，實施高端創新引領、綠色提質增效、科技精準幫扶等差異化區域服務策略，為全面推動我國鄉村振興、促進共同富裕貢獻了農科智慧和樣板，產生了巨大的社會經濟效益。

面向未來，研究所將緊緊圍繞“頂天立地”的發展方向和“建成世界一流農業科研院所”的發展目標，大力實施科技創新工程，加快推進現代科研院所建設，全面提升學術水平和影響力，凸顯“改革排頭兵、創新國家隊、產業驅動器、決策智囊團”的地位，為建設創新型國家做出新的更大貢獻。